プレじぃの鉄分補給

381系C編成は、モノクロス編成で1996年7月31日から283系登場時より、定期「くろしお」運用はありませんでした。
主に「はんわライナー」「やまとじライナー」で使用され、多客期の臨時列車や団体列車に充当されることもありました。
C602～C604編成はスノープラウ・水揚げ装置水抜き搭載等の耐寒耐雪工事が施工されています。
年末年始など多客期には「やくも」の増結のため出雲への貸し出しにも使用されました。
2009年の年末年始には、C604編成が出雲へ貸し出され、Tc135が岡山方に方転された上で3連ずつに分割され、非リニューアル編成6連の岡山方に、3連ずつ増結されました。

また、2010年12月30日から翌年1月3日にかけて、KTR001形の故障の影響で「北近畿」の代走も行われました。
2011年3月12日ダイヤ改正では、ホームライナーが廃止され、C編成の日根野区での運用が終了しました。

C601～Tc115+MM'47+MM'49+Tc116
制御振子試験・高速試験車
→2011年3月14日廃車
C602～Tc127+MM'82+MM'91+Tc137
→2011年6月4日廃車
C603～Tc131+MM'70+MM'79+Tc133
→2011年6月10日廃車
C604～Tc135+MM'29+MM'48+Tc143
→2011年6月15日廃車

C602～C604編成は福知山電車区に貸し出されFH61～FH63となり、2011年3月12日のダイヤ改正から同年5月31日まで、「こうのとり」の287系運用の未増備分、一部列車にて車両が出揃うまでの代走として運用されました。
代走運用終了後、同年6月末までにC編成は廃車になりました。