Муниципальное автономное учреждение города Калининграда общеобразовательная школа-интернат лицей-интернат расположено в двух зданиях: учебном и спальном корпусах.
Здание, где сейчас находится общежитие лицея-интерната, было построено до первой мировой войны архитектором Эмилем Райнхольдом Арнтом, в нем располагался приют для глухонемых. Во время первой и второй мировых войн, в здании приюта располагались госпиталя. В 1945 году, после окончания второй мировой войны, во время восстановления Калининграда, к бывшему зданию приюта пристроили учебный корпус.
В апреле 1957 года в этом новом здании был открыт общеобразовательный лицей-интернат №2, в котором обучалось около 650 человек с 1-го по 8-е классы. В лицее работал театр «Костер», руководителем которого был Олег Николаевич Друтман. Также имелся «Духовой оркестр», руководителем которого был Юсов Алексей Михайлович и «Оркестр народных инструментов», его возглавлял Рутман Матвей Маркович.
Школьники активно занимались спортом. Команда девочек под руководством тренера Козинского Юрия Тиофиловича зарекомендовала себя как отличный баскетбольный клуб.
Воспитанники интерната имели хорошую трудовую практику. Школа занимала территорию свыше 3 гектаров. На земле, принадлежащей интернату, имелись сад, огород, огромные территории занимала поля. В лицее так же имелось большое подсобное хозяйство: разводили уток, свиней, а отапливаемые теплицы давали возможность собирать урожай овощей круглый год.
В 1969 году по решению депутатов Горсовета было решено создать учебное заведение, которое позволило бы получать хорошее среднее образование не только школьникам города Калининграда, но и детям из области. В лицее-интернате открылся математический класс для ребят, имеющих склонность к математике. Инициатором создания такого класса был депутат Малаховский Владислав Степанович, он сам преподавал математическую логику и математическую лингвистику, а учителями являлись преподаватели Калининградского Технического Университета.
В разные годы образовательным учреждением руководили преданные своей работе люди: Дымент Исмаил Маркович (1957-1963 гг.), Абрамов Борис Степанович (1963-1967 гг.), Шампарова Надежда Андреевна (1977-1983 гг.), Бобылев Виктор Анисимович (1983-1987 гг.), Тамарский Григорий Сергеевич (1987-1988 гг.), Степанов Николай Павлович (1989-1998 гг.), Чернышёва Ирина Ивановна (1999-2007 гг.). С 2007 года образовательное учреждение возглавляет Карпов Игорь Анатольевич.
Выпускники лицея-интерната очень хорошо зарекомендовали себя, как преподаватели высших учебных заведений (Костя Нилов, Петрущенков Саша, Дина Белова (Шелих), Орехов Миша, Колмагоров Костя, Бабин Андрей и другие).
В 80-х годах Калининградская область испытывала нехватку педагогических кадров, и наш лицей стал готовить специалистов для школ области. В 1988 году в лицее-интернате были открыты педагогические классы с лингвистическим уклоном а он стал официально называться Калининградской областной средней школой-интернатом № 2.
К девяностым годам в лицее-интернате были закрыты классы с 1 по 7, набор стал производиться только с 9-х классов. Сократилось количество учащихся, были улучшены бытовые условия, в учебном корпусе открыты новый актовый зал и столовая.
В сентябре 1992 года приказом Комитета по образованию и науке администрации Калининградской области № 566 от 14.09.1992 года Калининградская областная средняя школа-интернат № 2 была реорганизована в Калининградский областной педагогический лицей-интернат.
В 2002 году лицей из Калининградского областного педагогического лицея-интерната был переименован в государственно-муниципальную общеобразовательную школу-интернат лицей-интернат на основании свидетельства о государственной регистрации № 2474 серия ЦНТ, выданного администрацией Центрального района города Калининграда 17.06.2002 года.
В сентябре 2006 года государственно-муниципальная общеобразовательная школа-интернат лицей-интернат (ГМОУ ШИЛИ) была переименована в муниципальную общеобразовательную школу-интернат лицей-интернат (МОУ ШИЛИ), а в феврале 2011 года в связи с переходом на автономный режим функционирования – в муниципальное автономное учреждение города Калининграда общеобразовательную школу-интернат лицей-интернат (МАУ ШИЛИ), а с 2014 года – в муниципальное автономное общеобразовательное учреждение города Калининграда школу-интернат лицей-интернат (МАОУ ШИЛИ).
В мае 2019 года лицей-интернат в числе 108 лучших школ России стал базовой школой Российской Академии наук (РАН). «Базовые школы РАН» – это совместный проект Российской академии наук и Министерства просвещения РФ, цель которого создание максимально благоприятных условий для выявления и обучения талантливых детей, их ориентации на построение успешной карьеры в области науки и высоких технологий, что послужит развитию интеллектуального потенциала регионов и страны в целом.
В январе 2020 года муниципальное автономное общеобразовательное учреждение города Калининграда школу-интернат лицей-интернат (МАОУ ШИЛИ) переведено на региональный уровень и стало называться государственным автономным учреждением Калининградской области общеобразовательной организацией "Школой-интернатом лицеем-интернатом" (ГАУ КО ОО ШИЛИ).
